為了確保三峽工程的順利進行，黨中央、國務院對三峽工程的建設給予了高度重視，1993年1月，國務院成立了國務院三峽工程建設委員會（簡稱國務院三峽建委），作為三峽工程高層次決策機構。國務院三峽建委主任由歷屆國務院總理或副總理兼任，成員為國務院相關直屬部門、湖北省人民政府和重慶市人民政府、長江委、中國三峽集團、國家電網公司的負責人。
在國務院三峽建委下設辦公室，作為國務院三峽建委的日常辦事機構，主要負責國務院三峽建委重大決策的貫徹落實，履行三峽工程建設過程中組織協調、保障服務及監督檢查等政府職能（包括稽查、驗收等）。
成立中國長江三峽工程開發總公司（2009年9月更名為中國長江三峽集團公司，簡稱中國三峽集團），作為三峽樞紐工程的項目法人，全面負責三峽樞紐工程建設和經營、所需資金的籌措、使用、債務償還以及樞紐建成后的運營，此外還負責移民工程所需資金的籌集及還貸；國家電網公司負責輸變電工程的建設以及跨區聯網工程的管理及所需資金。三峽工程建設中，采取了適應社會主義市場經濟的建設管理體制，實行了國際上通行的以項目法人負責制為中心的招標承包制、合同管理制、項目監理制的工程建設管理體制，以確保質量，控制進度和投資。
國務院三峽建委專門成立質量檢查專家組，聘請了中國科學院和中國工程院院士等權威專家，負責三峽樞紐工程全面的質量檢查，從最高層面監督三峽樞紐工程質量。
三峽庫區移民工作，在國務院三峽建委的領導下，采取“中央統一領導、分省（直轄市）負責、縣為基礎”的管理體制，實行開發性移民方針，動員全國對口支援三峽庫區，由湖北省、重慶市及其下屬的三峽庫區各縣（市、區）按照“資金和任務雙包干”的原則組織實施。
三峽工程的設計總成單位為長江委，負責三峽樞紐工程和移民工程的規劃與設計。
實踐證明，三峽工程的這一建設體制，理順了政府、企業和市場之間的關系，為三峽工程建成世界一流工程提供了最堅實的組織與制度保障。
在國家組織建設過程中，按照全國人大批準的三峽工程建設方案進行，也就是我們常說的“一級開發，一次建成，分期蓄水，連續移民”。
一級開發：在湖北省宜昌市三斗坪至重慶河段，實行一級開發，中間不再在長江干流上修建水利水電工程。
一次建成：三峽樞紐工程大壩、水電站、船閘等建筑物均一次建成。
分期蓄水：三峽水庫分期蓄水至正常蓄水位175米。2003年圍堰期發電蓄水位為135米；2006年初期運行水位為156米，2008年開始175米試驗性蓄水，2010年10月蓄水至175米正常蓄水位。
連續移民：三峽庫區移民分期分批連續進行，與樞紐工程進度相銜接。
1993年9月27日，為興建三峽工程、治理長江水患，經國務院批準，中國長江三峽工程開發總公司正式成立。2009年9月27日，更名為中國長江三峽集團公司。2017年12月28日，完成公司制改制，由全民所有制企業變更為國有獨資公司，名稱變更為中國長江三峽集團有限公司（以下簡稱三峽集團）。在黨中央、國務院的堅強領導下，三峽集團歷經30多年持續高質量發展，現已成為全球最大的水電開發運營企業和我國領先的清潔能源、生態環保集團，是國務院國資委確定的首批創建世界一流示范企業之一。
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